האגף למדיניות סחר והסכמים אחראי על קידום ותחזוקה של הסכמים בינלאומיים.
האגף מחולק לארבע מחלקות:

  1. מחלקת הסכמים בילטראליים (דו-לאומיים) – המנהלת מו”מ על הסכמי סחר חדשים של מדינת ישראל במטרה למנוע אפליה של התעשייה המקומית וכדי להבטיח את מקומנו בשווקים השונים.
  2. מחלקת WTO – מחלקת WTO מובילה את הפעילות מול ארגון הסחר העולמי ה- WTO, הארגון ממוקם בג’נבה והוא הפורום היחיד בעולם הקובע כללים לסחר ברמה הגלובלית.
  3. מחלקת OECD – מרכזת ומתאמת את פעילות המשרד, על יחידותיו השונות, ב-OECD (פורום בינלאומי ייחודי, שהמדינות החברות בו מפתחות מדיניות כלכלית וחברתית משותפת).
  4. מחלקת הקשרי סחר וסחר בענפי השירותים– המחלקה להקשרי סחר וסחר בשירותים מנהלת משא ומתן במספר פורומים לבניית תשתית סחר מיטבית ליצואנים ישראלים.