האגף למדיניות סחר והסכמים אחראי על קידום ותחזוקה של הסכמים בינלאומיים.
האגף מחולק לארבע מחלקות:
- מחלקת הסכמים בילטראליים (דו-לאומיים) – המנהלת מו”מ על הסכמי סחר חדשים של מדינת ישראל במטרה למנוע אפליה של התעשייה המקומית וכדי להבטיח את מקומנו בשווקים השונים.
- מחלקת WTO – מחלקת WTO מובילה את הפעילות מול ארגון הסחר העולמי ה- WTO, הארגון ממוקם בג’נבה והוא הפורום היחיד בעולם הקובע כללים לסחר ברמה הגלובלית.
- מחלקת OECD – מרכזת ומתאמת את פעילות המשרד, על יחידותיו השונות, ב-OECD (פורום בינלאומי ייחודי, שהמדינות החברות בו מפתחות מדיניות כלכלית וחברתית משותפת).
- מחלקת הקשרי סחר וסחר בענפי השירותים– המחלקה להקשרי סחר וסחר בשירותים מנהלת משא ומתן במספר פורומים לבניית תשתית סחר מיטבית ליצואנים ישראלים.