המינהל פועל באמצעות שלושה כלים מרכזיים:

מערך נספחים

המינהל מפעיל מערך של 43 נספחים מסחריים בפריסה עולמית, אשר תפקידם המרכזי הוא לקדם יצוא במגוון דרכים, כגון: ארגון משלחות, ארגון תערוכות ועריכת סמינרים מקצועיים, פתיחת דלתות בחברות ובגופי ממשל בשוקי היעד וכן סיוע בנושאי רגולציה ונושאים אחרים. המינהל אף פועל מול מוסדות פיננסיים בין-לאומיים, כגון הבנק העולמי, הבנק לפיתוח אמריקה הלטינית ועוד במטרה להגביר את החשיפה של התעשייה הישראלית לשוקי חו"ל ולעודד השתתפותן של חברות ישראליות בפרויקטים בשווקים מתעוררים.

בשנה האחרונה מערך הנספחים ביצע כ-500 פעילויות לקידום יצוא ו 1,500 חברות קיבלו סיוע פרטני המותאם לצרכיהן. כתוצאה מפעילות זו, מערך הנספחים היה שותף למאות סיפורי הצלחה של חברות ישראליות אשר הצליחו לבצע עסקאות בהיקף של למעלה מחצי מיליארד דולר.

הסכמי סחר וכלי מדיניות

המינהל יוזם ומנהל משא ומתן על הסכמי סחר חדשים, מעדכן באופן שוטף הסכמי סחר קיימים, פועל להסרה של חסמי סחר ומייצג את מדינת ישראל בארגונים הכלכליים הבין-לאומיים, כמו ארגון הסחר העולמי (WTO) וה-OECD.

לצד תחזוקה של הסכמי אזור סחר חופשי הקיימים עם ארצות הברית, האיחוד האירופי, מדינות אפט"א, טורקיה, קנדה, מקסיקו, ארגון מרקוסור, קולומביה ופנמה, מינהל סחר חוץ מנהל כיום משא ומתן לכינון של הסכם אזור סחר חופשי עם סין, וייטנאם, דרום קוריאה, האיחוד האירו-אסייתי (רוסיה, בלרוס, קזחסטן, קירגיסטן וארמניה) ואוקראינה. התרומה השנתית של הסכמי אזור הסחר החופשי עבור קהילת היצואנים מוערכת במאות מיליוני דולרים כתוצאה מאי תשלום מכס.

מערך כלי סיוע לתעשיה

המינהל מפעיל מערך של קרנות המסייעות לחברות ישראלית לפעול בחו"ל.
בין הקרנות – תכנית של"ב – שער לשיווק בין-לאומי, המיועדת לתמוך ביצואנים מתחילים ולסייע בבניית יכולות שיווק בין-לאומי ובמאמצי פריצה לשווקים הבין-לאומיים; תכנית כסף חכם המסייעת לפרוץ לשוק חדש ולהקים נציגות שיווקית במדינות היעד; קרן הפרויקטים והמכרזים הבין-לאומיים המסייעת לחברות לגשת למכרזים בין-לאומיים או לקיים "פיילוט" שיווקי ותכנית המאגדים המסייעת להקמת מתקן הדגמה שיווקי בין-לאומי.